По сохранению культурных ценностей с отделами экспертизы и контроля за вывозом и ввозом культурных ценностей, лицензирования и контроля за реализацией предметов антиквариата, организационно-аналитический отдел, отдел перемещенных культурных ценностей;
- науки, образования и развития социально-культурной инфраструктуры с отделами образования, науки, этнокультурных программ, экономического анализа и финансирования образования, по работе с органами государственного управления в федеральных округах и субъектах федерации, культурного и регионального сотрудничества;
- экономической и инвестиционной политики, в структуре которого находятся сводно-экономический отдел, сводно-финансовый отдел, отделы финансирования программ, инвестиций, внебюджетных источников, труда и заработной платы;
- управление делами с отделом делопроизводства;
- управление международного сотрудничества с отделами СНГ, культурного сотрудничества, сотрудничества в области кинематографии;
- управление бухгалтерского учета и ревизий с отделами по контрольно-ревизионной работе, отчетности по бюджетным учреждениям, отчетности по хозрасчетным учреждениям и предприятиям;
- отдел библиотек;
- отдел кадров и наград;
- отдел музеев;
- отдел (инспекция) охраны недвижимых памятников истории и культуры;
- спецотдел;
- хозяйственный отдел;
- юридический отдел.